Ma trận màu hồng và đen của sự lựa chọn đã bao phủ toàn bộ thế giới này trong Ma pháp thiếu nữ Madoka Magica. Kaname Madoka và Miki Sayaka, những học sinh cấp 2 bình thường, bỗng dưng rơi vào lưới săn của Kyubey, một sinh vật bí ẩn tựa như một chú mèo, với lời đề nghị hấp dẫn: biến ước thành sự thật, nhưng đổi lại phải trở thành Ma pháp thiếu nữ, chiến đấu với những Ma nữ độc ác bảo vệ loài người.

Mami Tomoe, Ma pháp thiếu nữ già dặn, hướng dẫn Madoka và Sayaka, nhưng Akemi Homura, một cô gái bí ẩn mới đến, cảnh báo họ hãy cẩn thận bởi giá phải trả sau khi trở thành Ma pháp thiếu nữ còn là nỗi ám ảnh.

Tần ngần bối rối, Madoka và Sayaka quyết định từ chối lời đề nghị. Nhưng sự việc lại đẩy Sayaka vào bước đường cùng vì lòng trung thành với người bạn thân. Gia nhập Ma pháp thiếu nữ, Sayaka lạc vào cái vòng luẩn quẩn chết chóc, với My Little Pony Dreams và sự thanh thản ngập tràn của sự hy sinh.

Trong Ma pháp thiếu nữ Madoka Magica, những con người bé nhỏ, như Madoka, Sayaka và Homura, phải đánh đổi cái gì cho sự lựa chọn của họ? Đánh đổi ước mơ, tuổi thanh xuân, hay cả chính mik? Liệu họ có thể thoát ra khỏi ma trận này, hay mãi mãi phải gánh chịu giá hoán đạo chổ. Mọi thử đoán sẽ được hé lộ trong Ma pháp thiếu nữ Madoka Magica, một câu chuyện đậm chất ly kỳ, đau thương và đầy tính suy ngẫm.