Tập “Hồ Sơ Tuyệt Mật” Phần 8, mang tên “Sau khi Mulder mất tích”, mở đầu bằng một cú sốc đối với người hâm mộ. Mulder đã biến mất, để lại Scully hai mắt trống rỗng, lạc lõng trong nỗi lo âu. Cô quay trở lại trụ sở FBI, hy vọng tìm thấy manh mối về kẻ biến mất bí ẩn này, trong vai trò đặc vụ John Doggett đang điều tra các vụ án liên quan đến Mulder. Trưởng phi cơ Skinner và Scully biết rằng việc truy tìm Mulder theo cách truyền thống là vô ích nên họ quyết định đến gặp Lone Gunmen, những nhà điều tra phi thường và vô cùng thông mình. Những thông tin bí mật mà Lone Gunmen cung cấp dẫn Scully và Skinner đến Gibson Praise, nơi họ gặp phải một người đàn ông trông giống như Mulder, nhưng thật ra lại là một kẻ giả mạo đầy mưu mô. Hành trình tìm Mulder tỏ ra vô cùng gian nan và thử thách. Đặc vụ Doggett, người được giao tiếp nhận X-Files sau sự biến mất của Mulder, bắt đầu thấu hiểu rằng tìm kiếm Mulder sẽ không hề đơn giản. Chính Scully, người từng tin tưởng tuyệt đối vào Mulder, nay trở thành người duy nhất tin tưởng vào những sự việc bí hiểm, buộc cô phải làm việc với Doggett, một kẻ hoài nghi. Cuộc chạy đua tìm Mulder bắt đầu, người tin tưởng Scully và kẻ hoài nghi Doggett phải dẹp bỏ những mâu thuẫn để kết hợp sức mạnh, liệu họ có đủ năng lực để tìm thấy Mulder hay không?