Xen kẽ những biến cố lịch sử, khi Trái Đất dần xứng lên khỏi sự ảm đạm sau thảm họa Chiếc Hộp Của Laplace, một mối đe dọa mới ẩn chữ trong bóng tối đối với “psycho frame” – công nghệ tâm thần có thể mở đường cho vô số những khả năng mà con người chỉ mơ ước. Chiến Binh Gundam: Hoàng Hôn Axis mang bạn tới năm U.C. 0096, nơi Lực Lượng Liên Bang Trái Đất EFF, biết rõ tính uẩn khúc của thuật “psycho frame” sau bao năm gây dựng lại quê hương. Họ quyết định đưa một đội điều tra bí mật đến tiểu hành tinh Axis, nơi hiểm trở và đầy sự hoang vu. Arlette Almage và Danton Hyleg – hai tên tuổi từng góp phần trong chính quyền của Công Quốc Zeon và Neo Zeon, giờ đây trở thành những nhân viên dân sự, với kinh nghiệm kỹ thuật sâu rộng và sự lão luyện phi công, cùng hòa nhập với đội.

Ngỡ như một nhiệm vụ đơn giản, cuộc điều tra ngay lập tức rơi vào hoàn cảnh nguy hiểm khi đội bị tấn công dữ dội trong một căn cứ bỏ hoang trên Axis. Arlette và Danton, với quá khứ ám ảnh, bị cuốn vào một ma trận sự kiện bí mật đầy bất ngờ. Họ phải đương đầu với những hiểm nguy khẩn cấp, những âm mưu ngầm tối và cái chết đang rình rập. Bước chân từng bước trên Axis, họ càng cảm nhận được sự mờ mịt và ẩn chứa quyền lực khủng khiếp, một sức mạnh có thể đảo chuyển cục diện hứa hẹn của toàn kiệt “psycho frame” trên Trái Đất. Cuộc hành trình của Arlette và Danton hứa hẹn sẽ cuốn bạn vào một câu chuyện hậu tận thế đầy kịch tính, nơi quyền năng và tội lỗi giao nhau, và lựa chọn của họ sẽ quyết định số phận của cả một thế giới.