“Hồ Sơ Tuyệt Mật (Phần 9)” tiếp tục đẩy Scully vào những vòng xoáy đau khổ khi nhận thức rõ hơn rằng sự hiện diện của Mulder chỉ lôi kéo thêm nguy hiểm cho cả mẹ con William. Mulder một lần nữa biến mất, nhưng lần này là do chính quyết định của anh, khiến Doggett vô cùng thất vọng trong khi cố gắng điều tra Phó Giám đốc Kersh. Mặc dù Scully ủng hộ Doggett và Reyes trong một số vụ án, nhưng nỗi lo về William vẫn ám ảnh cô. Khi biết một giáo phái nguy hiểm muốn giết con trai mình, Scully nêu lí do tìm đến Lone Gunmen, nhưng những lời khuyên của họ dường như vô ích. William bị bắt cóc, buộc Scully phải đối mặt với một quyết định đau đớn. Trong lúc cô tuyệt vọng nhất, tin mừng ập đến: Mulder đã được tìm thấy, nhưng điều đó cũng rắc thêm muôn thắc mắc khi anh bị giam giữ bởi quân đội vì được cáo buộc sát hại một kẻ không thể chết.