Phần 4 của Vượt Ngục đẩy câu chuyện đến những diễn biến ngoặt nghèo đầy bất ngờ. Một nhóm nghiên cứu được Don Self, đặc vụ của An ninh nội địa, tuyển dụng nhằm tiếp cận Scylla, một thiết bị siêu bí mật. Ban đầu, nhóm tin rằng Scylla nằm trong “Sổ đen” của Hội Đồng Hành, nhưng thực tế là họ được đưa vào một âm mưu gài bẫy, nhiệm vụ chính là thu thập thông tin về một loại pin tiên tiến có khả năng tái tạo năng lượng. Nửa đầu phần 4 tập trung vào nỗ lực mạo hiểm của nhóm để lấy được thẻ truy cập Scylla và đột nhập vào trụ sở nguy hiểm của Hội Đồng Hành để đánh cắp nó. Trong lúc đó, một bí mật kinh hoàng được hé lộ: Sara, tưởng chừng đã qua đời, thực sự vẫn còn sống khỏe và hiện tại Bellick mới là nạn nhân tử vong. Hơn nữa, Don Self, người vốn được mọi người tin tưởng, bỗng hóa ra là gián điệp hai mang và âm mưu bán Scylla cho tay người trả giá cao nhất. Âm mưu phức tạp này hứa hẹn sẽ tạo ra mớ hỗn loạn mới cho các biệt nhân trong tù, đẩy họ vào vòng xoáy nguy hiểm khó lường.
